توقف شرطة الاحتلال الإسرائيلية المصلين أحيانًا على بوابات المسجد وتحتجز بطاقات هويتهم وتعطيهم تذكرة، وعند خروجهم يسلمون التذكرة ويستعيدون بطاقة الهوية، هذا الإجراء يعايشه الجميع بشكل واضح أيام الجمع، في استهداف للشبان، وانتهاك للمسجد واستفزاز لمشاعر المصلين وقد حذر مصلون من هذا الإجراء الذي يتم من خلاله معرفة الذين يترددون على المسجد وأهداف قدومهم، ومراقبتهم.

ويشتكي المصلون باستمرار من الإجراءات المشددّة التي يتعرضون لها من شرطة الاحتلال أثناء دخولهم المسجد، والتحقيق معهم، وفي بعض الأحيان اعتقالهم، حيث سجلت العديد من الحالات جراء هذا الأسلوب وقال الشيخ ناجح بكيرات المختص في شؤون القدس والأقصى تعقيبًا على سياسة مصادرة الهويات لـ"المركز الفلسطيني للإعلام"،" هناك هجمة صهيونية تستهدف المسجد لتحقيق 3 مسارات الأول تجفيف الوجود الفلسطيني العربي المقدسي من داخل نقطة المركز، وتحديدًا البلدة القديمة والمسجد الأقصى بشكل كبير، وإتاحة الفرصة لعملية إحلال للمتطرفين اليهود مكان المصلين والسكان الأصليين".

وأشار بكيرات إلى أنَّ المسار الثاني عبارة عن فرض سيادة وسيطرة أكثر مما نتوقع، بمعنى أن المسجد الأقصى المبارك أصبح في قبضة الاحتلال، ليس القبضة العسكرية فحسب، بل الإدارية والسيادية وقال الشيخ بكيرات" إنَّ هذه السياسة ازدادت في الآونة الآخيرة، وأمعن الاحتلال في عملية عسكرة المسجد الأقصى وتخويف المصلين، وكأن الذي يشرف على دخولهم وخروجهم هو الاحتلال وليس أي جهة أخرى".

وأوضح الشيخ بكيرات أنَّ مثل هذه الأبعاد هي رسالة موجهة إلى العالمين العربي والإسلامي أنَّ المسجد الأقصى المبارك مقبل على مرحلة جديدة، مؤكَّدا على أنَّ الاحتلال يخطط فعلًا لتغيير الاستاتسيكو "الوضع التاريخي" للمسجد وإحداث عملية تغيير جذري.

وقال الشيخ بكيرات" إنَّ الاحتلال يسعى لتحقيق هدفه الاستراتيجي، وهو إقامة الهيكل المزعوم على أنقاض المسجد الأقصى، محذرًا من إشعال حرب عالمية"،مضيفًا" ربما الحرب تبدأ من بطاقة هوية ولا تنتهي عند المرحلة الإقليمية ولا الزمنية".

وأكَّد بكيرات أنَّ مثل هذه الأمر سيولد انفجارًا أكبر مما تتوقعه دولة الاحتلال الإسرائيلي من ناحية ثانية، أكَّد بكيرات أنَّ المسجد الأقصى يمر في أخطر مراحله الآن، محذرًا من تغييرات حقيقية على المسجد خلال الفترة القادمة ما لم يتم تحرك عربي وإسلامي للدفاع عنه.

ورغم ذلك، أكَّد بكيرات أنَّ للمسجد رب يحميه، ثم المقدسيون والأخوة داخل أراضي 48، وقال" رغم كل محاولات الاحتلال تهويده والسيطرة عليه فإنه سيبقى مسجدًا إسلاميًا خالصًا للمسلمين وحدهم".