استغربت حركة الجهاد الإسلامي، إقالة عيسى قراقع من رئاسة هيئة شؤون الأسرى والمحررين، قائلة إنها عهدته "مكافحًا ومحاربًا من أجل قضايانا العادلة ومساندته للإضرابات الجماعية والفردية وحمله لقضايانا في جميع المحافل الإقليمية والدولية" وأشادت الهيئة القيادية العليا لأسرى حركة الجهاد الإسلامي في سجون الاحتلال الصهيوني في بيان بدور قراقع بخاصة في ملف الأسرى المرضى وصغار السن، "كل هذا وغيره من مواقفه الإنسانية والنضالية والتي يشهد له بها القاصي والداني، وكانت كفلية أن تبقيه على رأس عمله، وتحديدًا في هذه  الفترة  والتي نحن بأمس الحاجة فيه لكل جهد ومساندة ولا سيما من شخص كأبي خالد".

وقالت الهيئة "إن قرار إقالة قراقع يأتي في هذه المرحلة الحرجة من تاريخ شعبنا، والذي تتعرض فيه قضايانا لمشاريع تصفوية، ولا سيما قضية الأسرى والشهداء، والتي كان أخرها قرار الكونجرس الأميركي والكنيست الصهيوني خصم ما يساوي مجموع ما يصرف لأسر الشهداء والأسرى من المساعدات الأمريكية لموازنة السلطة من أموال الضرائب.

وتمنت في ظل هذه المرحلة الحساسة أن يكون حجم الرد والتصدي من الكل الفلسطيني بحجم الهجمة الموجهة ضده، "ولكننا تفاجأنا بالأمس القريب بقرار تقليص مخصصات عوائل أسرى غزة والذين هم في أمس الحاجة إليها في ظروف الحصار الذي نعيشه".

وقرر رئيس السلطة الفلسطينية محمود عباس، تشكيل لجنة لإدارة هيئة شؤون الأسرى والمحررين برئاسة قدري أبو بكر، عقب إقالة رئيسها عيسى قراقع.
وجاءت إقالة قراقع وفقًا لمقربين، بسبب مواقفه الداعمة للأسرى؛ حيث كان من المعارضين بشدة للعقوبات التي فرضها محمود عباس على غزة وشملت قطع رواتب بعضٍ من أسراها.