خضع مستشارا رئيس الحكومة الإسرائيلية بنيامين نتنياهو والمقربان منه المحامي دافيد شيمرون والمحامي يتسحاك مولخو، للتحقيق في الملف 3000، المعروف بفضيحة الغواصات، وذلك للمرة الثالثة خلال أسبوع بعد إطلاق سراحهم بشروط مقيدة بعد التحقيق السابق وقبل أسبوع فقط، قدم مولخو استقالته من منصبه كمبعوث سياسي خاص لرئيس الحكومة، وخلال التحقيق معه، قال إنه لم يكن طرفًا في أي صفقة تتعلق بشكل أو بآخر بشراء الغواصات، في حين يشير الادعاءات إلى ضلوعه في الصفقات.

وقال في التحقيق إن "كل ما فعلته خلال حياتي كان لصالح إسرائيل"، وأنكر أي صلة له بالقضية أو بالصفقات التي عقدت ورجحت الشرطة أن مبعوث نتنياهو كان على دراية على مضامين تحقيقاتها ورجح أن التحقيقات والاعتقالات ستطاله وعليه قدم استقالته من منصبه ونقلت القناة الثانية الإسرائيلية عن محامي مولخو قوله إن "موكله يتعاون مع المحققين بشكل كامل، ويجيب عن كل الأسئلة"، مدعيًا أن التحقيق سيفند التهم ضده، بينما حظر السفر على موكله خارج البلاد خلال الفترة القريبة لاستكمال التحقيق.

وخلال التحقيق الثاني، قام طاقم التحقيق بمواجهة مولخو وشمرون مع مشتبه بهم آخرين خاصة شاهد الملك رجل الأعمال الإسرائيلي، ميكي غانور، مندوب الشركة "تيسنكروب" الألمانية لبناء الغواصات والسفن في البلاد وحسب صحيفة "يديعوت أحرونوت" العبرية فإن غانور واجه مولخو وشمرون بالشبهات التي أدلى بها في شهادته لدى التوقيع على اتفاقية تحول فيها إلى "شاهد ملك" في القضية، وبضمنها أن شمرون تعهد بالدفع بصفقة الغواصات مقابل نسب مئوية، بالاستفادة من اسمه وقرابته من رئيس الحكومة.

كما تمحورت تحقيقات الشرطة مع مولخو حول دوره بالدفع بصفقة الغواصات لدى المسؤولين الألمان، ووجه له طاقم التحقيق سؤالا بشأن دوره في دفع صفقة الغواصات بالتنسيق مع المحامي شمرون.

كانت التحقيقات التي تم خلالها استجواب مولخو وشمرون بداية الموجة الثالثة من التحقيقات في قضية الغواصات، وفي التحقيق، ركز المحققون على الأنشطة الدولية لمبعوث رئيس الحكومة، فمن وجهة نظر المحققين كان موظفا حكوميا من جميع النواحي، على الرغم من أنه لم يتقاض أجرا.​