تبدأ الجلسات التحضيرية لمحاكمة مرتكبي هجمات 11 سبتمبر/أيلول 2001، الاثنين، تستمر لمدة 4 أيام في القاعدة العسكرية الأميركية غوانتانامو في كوبا، ويظهر المتهمون الخمسة "خالد شيخ محمد، ووليد بن عطاش، رمزي بن الشيبة، عمار البلوشي ومصطفى أحمد الحوسوي" في قاعدة المحكمة إلى جوار فرق الدفاع عنهم، كما يشارك في حضور الجلسات جانب في أهالي ضحايا 11 سبتمبر،  وقد وافقت اللجنة العسكرية المشرفة على المحاكمة على توجيه اتهامات القتل العمدي ضد المعتقلين الخمسة بغوانتانامو، وتوجيه تهمة التآمر لتنفيذ هجمات 11 سبتمبر المتطرّفة في نيويورك وواشنطن وبنسلفانيا التي أدت إلى مقتل ما يقرب من 3 آلاف ضحية، ويواجه المتهمون عقوبة الإعدام في حال الإدانة.

وتوجه صحيفة الاتهام 7 تهم إلى المتهمين الخمسة، وهي التآمر في تخطيط الهجمات مع أسامة بن لادن وغيره من كبار قادة تنظيم القاعدة وخاطفي الطائرات في 11 سبتمبر، والهجوم على مدنيين، وارتكاب جرائم القتل للمدنيين في انتهاك لقوانين الحرب، وتهمة الإرهاب، ووجهت صحيفة الاتهام لكل من محمد بن عطاش وبن الشيبة والبلوشي تهم اختطاف 4 طائرات "اثنتان منها أصابتا برجي مركز التجارة العالمي في نيويورك وأحدها أصابت البنتاغون والرابعة تحطمت في ريف بنسلفانيا" وقتلت تلك الهجمات 2976 شخصاً. وقد أسقط القاضي العسكري جيمس بول في أبريل/نيسان الماضي تهمة مهاجمة المباني المدنية وتهمة تدمير الممتلكات، ولذا يواجه المتهمون الخمسة خمسة اتهامات "التآمر، ومهاجمة مدنيين، وقتل مدنيين، وخطف طائرات، والإرهاب" ما لم يناقش أعضاء النيابة العامة وممثلو الدفاع إضافة تهم مهاجمة المباني المدنية وتدمير الممتلكات مرة أخرى خلال الجلسات التحضيرية القادة التي يتم فيها الاتفاق على الوثائق والشهود والأدلة والمحلفين وغيرها من الخطوات القانونية.

ويعد خالد شيخ محمد العقل المدبر لهجمات سبتمبر، واقترحها لزعيم تنظيم القاعدة أسامة بن لادن عام 1996، وأشرف على تخطيط العملية وتدريب الخاطفين في أفغانستان وباكستان، وتقول اللجنة الدولية للصليب الأحمر أن السلطات الباكستانية اعتقلته في 1 مارس/آذار 2003 في منطقة روالبندي بباكستان، وسلمته إلى وكالة الاستخبارات المركزية الأميركية. وتعرض خالد شيخ محمد للتعذيب باستخدام تقنيات الإيحاء بالغرق قبل نقله إلى معتقل غوانتانامو في عام 2006 وتباهى في التحقيقات العسكرية في مارس 2007 بأنه كان مسؤولاً عن عملية هجمات سبتمبر من الألف إلى الياء، وليد بن عطاش الذي أدار معسكر تدريب تابع للقاعدة في مدينة لوغار بأفغانستان حيث تم تدريب اثنين من الخاطفين في هجمات 11 سبتمبر، رمزي بن الشيبة، وهو اليمني الذي ساعد المختطفين في دخول مدارس الطيران والدخول إلى الولايات المتحدة وساعد في تمويل العملية، ويقال إنه تم اختياره ليكون واحدة من المختطفين، لكنه لم يستطيع الحصول على تأشيرة سفر للولايات المتحدة، حيث رفض طلبه 4 مرات من سفارات الولايات المتحدة. وقد قبضت عليه السلطات الباكستانية في 11 سبتمبر 2002 في كراتشي.

وعمار البلوشي المعروف أيضاً باسم علي عبد العزيز علي أرسل للخاطفين 120 ألف دولار للإنفاق على تدريبات الطيران، وساعد تسعة من الخاطفين في السفر إلى الولايات المتحدة، وكان الذراع اليمنى لخالد شيخ محمد في باكستان باعتباره ابن شقيقه، بجانب مصطفى أحمد الحوسوي المعتقل السعودي الذي ساعد الخاطفين بالمال وبطاقات الائتمان وقد اعتقلته السلطان الباكستانية في 1 مارس 2003 في منطقة روالبندي بباكستان، وقد مثل الحوسوي كشاهد في محاكمة زكريا موسوي، وقد رأس اللجنة العسكرية القاضي الكولونيل ستيفن هينلي خلال إدارة الرئيس الأسبق جورج بوش، وحالياً يرأس القاضي جيمس بول رئاسة اللجنة العسكرية القضائية، ويُعد واحداً من أقدم 3 قضاة عسكريين يرأسون جلسات المحاكمات التحضيرية في القاعدة العسكرية غوانتانامو في كوبا.

ويرأس الجنرال مارك مارتنز فريق المدعين العامين في القضية، وعددهم تسعة مدعين، أما فريق الدفاع، فيمثل المحامي ديفيد نيفين ممثلاً لخالد شيخ محمد، والمحامية سيريل بورمان ممثلة عن وليد بن عطشا والمحامي جيمس هارينغتون لرمزي بن الشيبة، وجيمس كونيل ممثلاً عن عملاً البلوشي ووالتر رويز ممثلاً عن مصطفي الحوسوي، وقد مثل المتهمون الخمسة لأول مرة أمام اللجنة العسكرية في 5 يونيو/حزيران 2008 خلال إدارة الرئيس الأسبق جورج بوش، لكن العملية القضائية توقفت مع تولي الرئيس باراك أوباما لمنصبه وطلب مراجعة القضايا وقرر النائب العام أريك هولدر في يناير/كانون الثاني 2010 محاكمتهم في مدينة نيويورك بمحكمة فيدرالية، وقوبل ذلك الأمر بمقاومة سياسية شرسة من الكونغرس وأهالي الضحايا، مما أعاد القضية مرة أخرى إلى اللجنة العسكرية التابعة للبنتاغون، وأصدر المدعي العام لجرائم الحرب أوراق اتهام جديدة في 31 مايو/أيار 2011، ووافق رئيس اللجنة العسكرية في ذلك الوقت قائد البحرية المتقاعد بروس ماكدونالد على لائحة الاتهامات في 4 أبريل 2012.

وجرت أولى جلسات الاستماع للمعتقلين الخمسة المتهمين في هجمات 11 سبتمبر/أيلول في 5 مايو/أيار 2012 في قاعة المحكمة التي تمت إقامتها داخل القاعدة العسكرية بغوانتانامو في منطقة معسكر العدالة"كامب جاستيس"، وامتدت جلسة الاستماع في ذلك اليوم إلى أكثر من 13 ساعة مع استراحات تخللت الجلسة للراحة والصلاة.